Мемуары героя-партизана пользуются популярностью
С 30 октября 1941 года М.А. Македонский назначен командиром группы, заместителем командира Бахчисарайского партизанского отряда и командиром 4 района партизанского движения Крыма. В районе бешуйских копей зимой 1941-1942 происходили тяжелые бои с немецкими и румынскими частями, а также с отрядами коллаборационистов. За бои 1941-1942 годов Михаил Андреевич награждён первым орденом «Красного Знамени». В наградном листе указано: «Возглавляемый т. Македонским отряд, за период по октябрь 1942 года провел 82 боевые операции в которых было уничтожено 280 гитлеровцев, сожжено 30 автомашин противника, проведено 18 диверсий, из коих – 2 на железной дороге, в результате которых пущено под откос два ж.д. состава с войсками и грузами противника. Кроме того, сожжено 14 домов предателей. Тов. Македонский лично руководил 13 боевыми операциями и 9 боями отряда с оккупантами. Т. Македонский добился наименьших потерь личного состава отряда. В боях проявил себя как бесстрашный, находчивый, преданный своей родине командир. Достоен правительственной награды – ордена «Красного Знамени»».
В октябре 1942 года Македонский был вывезен самолётом на Большую землю, где окончил спецшколу, аттестован как техник-интендант 2 ранга. По итогам боев 1942 года ему вручен второй орден Красного Знамени. В июне 1943 года Македонский заброшен в Крым, был командиром партизанского отряда в районе плато Чатыр-Даг, затем командиром Южного соединения партизан Крыма. Южное соединение участвовало в освобождении Бахчисарая, Ялты. В 1944 году он был представлен к званию Героя Советского Союза, но 24 июня 1944 года его лишили наград и депортировали в Краснодарский край как грека. После многократных обращений однополчан М.А. Македонский возвращён в Крым осенью 1944 года.
С 1945 года Михаил Андреевич- директор совхоза «Коктебель». Руководил закладкой новых плантаций, строительством второго винзавода в Планерском, основал коньячное производство в Крыму, внедрял передовой опыт виноградарства. За высокие достижения в области виноградарства и виноделия ему присвоено звание Героя Социалистического Труда. Неоднократно награждался медалями ВДНХ. Фирменный коньяк совхоз-завода «Коктебель» назван именем Михаила Македонского.
Михаил Андреевич написал книгу мемуаров «Пламя над Крымом» (воспоминания), которая выдержала 3 издания. 9 мая 1972 года в поселке Щебетовка установлен памятник М.А.Македонскому.